Deze leerstoel heeft hij sinds 1 juni 2006 bekleed. De leerstoel aan de Universiteit van Amsterdam is ingesteld vanwege de Amsterdam School of Real Estate. Zijn afscheidscollege was getiteld 'Kennis is als een fata morgana. Hervorming van de woningmarkt: resultaten en lessen voor de toekomst'.
Conijn richtte zich als bijzonder hoogleraar aan de UvA op de economische aspecten van de woningmarkt. Het kabinet Rutte/Samson heeft de hervorming van de woningmarkt als speerpunt van zijn beleid gemaakt. Er zijn goede resultaten bereikt zoals de geleidelijke vermindering van de hypotheekrenteaftrek en de beperking van de hypotheekschuld in de koopsector.
Er is ook veel misgegaan waaruit lessen zijn te trekken, aldus Conijn. De bouw van nieuwe woningen is verwaarloosd waardoor er nu een woningtekort is. De corporatiesector heeft als gevolg van de invoering van de verhuurderheffing veel investeringscapaciteit verloren, die nu node wordt gemist. De groei van het middensegment in de huursector is onvoldoende van de grond gekomen. Koopstarters worden door particuliere beleggers, die koopwoningen omzetten in huurwoningen, van de markt verdrongen (het zogenoemde ’buy-to-let’).
Conijn stelt dat het hervormingsbeleid per saldo meer problemen heeft gecreëerd dan opgelost. De kennis die we meenden te hebben over de woningmarkt bleek als een fata morgana te verdampen. De belangrijkste oorzaak is dat de gevolgen van het oplopende woningtekort niet zijn voorzien.